論文 - 柏山　祐一郎

Metabolic control of nitrogen isotope composition of amino acids in macroalgae and gastropods: implications for aquatic food web studies 査読

Y. Chikaraishi, Y. Kashiyama, N.O. Ogawa, H. Kitazato, N. Ohkouchi

Marine Ecology Progress Series   342   85 - 90   2007年7月

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岩礁地帯における大型藻類と巻き貝の組織に含まれるアミノ酸の窒素安定同位体組成を測定し，グルタミン酸とフェニルアラニンの値の差が生物の栄養段階を定量的に反映することを示した。

Low diversity Smithian (Lower Triassic) fauna from northeast Japan: Paleoecologic and paleobiogeographic implications 査読

Y. Kashiyama, T. Oji

Paleontological Research   8 ( 3 )   199 - 218   2004年9月

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気仙沼・南三陸地域に露出する下部三畳系の堆積岩とそこに含まれる海洋底生生物の化石群集を研究し，ペルム紀末の大量絶滅の後数百万年以上経過した時期においても生物多様性の回復は非常に遅れていたことを示した。

Genesis of a locality of Exceptional Fossil Preservation: Paleoenvironments of Tepexi de Rodgriguez (mid-Cretaceous, Puebla, Mexico) 査読

Y. Kashiyama, D.E. Fastovsky，S. Rutherford，J.W. King，M. Montellano

Cretaceous Research   25 ( 1 )   153 - 177   2004年2月

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メキシコに露出する白亜紀に形成された非常に保存の良い化石を多量に算出する石灰岩に関して，堆積学と統計学の融合的な研究手法によって形成メカニズムを考察した。

NADPH-to-NADH conversion by mitochondrial transhydrogenase is indispensable for sustaining anaerobic metabolism in Euglena gracilis 査読

Masami Nakazawa, Mutsuki Takahashi, Ryuta Hayashi, Yuki Matsubara, Yuichiro Kashiyama, Mitsuhiro Ueda, Hiroshi Inui, Tatsuji Sakamoto

FEBS Letters   595   2922 - 2930   2021年11月

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ミドリムシの嫌気性ミトコンドリアでは，ワックスエステル生成を伴うATP生成においてNADHが必須である。本研究では，NADPH/NAD+をNADP+/NADHに変換するニコチンアミドヌクレオチドトランスヒドロゲナーゼ（NNT）とNADP+依存性リンゴ酵素が嫌気性代謝の維持に不可欠であることが分かった。よって，解糖で生成された還元力がリンゴ酸としてミトコンドリアに輸送され，そこで細胞質NAD+の再生とミトコンドリアNADPHの生成が連動していることを示唆した。

Bacterium lacking a known gene for retinal biosynthesis constructs functional rhodopsins 査読

Yu Nakajima, Keiichi Kojima, Yuichiro Kashiyama, Satoko Doi, Ryosuke Nakai, Yuki Sudo, Kazuhiro Kogure, Susumu Yoshizawa

Microbes and Environments   35 ( 4 )   ME20085   2020年12月

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既知のレチナール合成酵素を持たないがロドプシン遺伝子を有するバクテリアについて，レチナールの自家での生合成とロドプシンの機能を生化学的に証明した。

A non-photosynthetic green alga illuminates the reductive evolution of plastid electron transport systems 査読

Motoki Kayama, Jun-Feng Chen, Takashi Nakada, Yoshiki Nishimura, Toshiharu Shikanai, Tomonori Azuma, Hideaki Miyashita, Shinichi Takaichi, Yuichiro Kashiyama, Ryoma Kamikawa

BMC Biology   18   126   2020年9月

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自由生活型の無色緑藻が保持している非光合成色素体の色素体ゲノムを解読し，その機能を推定すると共に，色素体内での酸化還元反応に関連する因子の生化学的解析を行った。

Inventory and Evolution of Mitochondrion-localized Family A DNA Polymerases in Euglenozoa 査読

Ryo Harada, Yoshihisa Hirakawa, Akinori Yabuki, Yuichiro Kashiyama, Moe Maruyama, Ryo Onuma, Petr Soukal, Shinya Miyagishima, Vladimir Hampl, Goro Tanifuji, Yuji Inagaki

Pathogens   9 ( 4 )   257   2020年4月

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ユーグレノゾア生物におけるミトコンドリア局在のDNAポリメラーゼの進化に関する論文。

Comparative plastid genomics of cryptomonas species reveals fine-scale genomic responses to loss of photosynthesis 査読

Goro Tanifuji, Ryoma Kamikawa, Christa E. Moore, Tyler Mills, Naoko T. Onodera, Yuichiro Kashiyama, John M. Archibald, Yuji Inagaki, and Tetsuo Hashimoto

Genome Biology and Evolution   12 ( 2 )   3926 - 3937   2020年1月

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光合成能を喪失して従属栄養生物として進化したクリプト藻のゲノム解析から，プラスチド関連遺伝子の選択的な保存を報告・論じた。

Taming chlorophylls by early eukaryotes underpinned algal interactions and the diversification of the eukaryotes on the oxygenated Earth 査読

Yuichiro Kashiyama, Akiko Yokoyama, Takashi Shiratori, Sebastian Hess, Fabrice Not, Charles Bachy, Andres Gutierrez-Rodriguez, Jun Kawahara, Toshinobu Suzaki, Masami Nakazawa, Takahiro Ishikawa, Moe Maruyama, Mengyun Wang, Man Chen, Yingchun Gong, Kensuke Seto, Maiko Kagami, Yoko Hamamoto, Daiske Honda, Takahiro Umetani, Akira Shihongi, Motoki Kayama, Toshiki Matsuda, Junya Taira, Akinori Yabuki, Masashi Tsuchiya, Yoshihisa Hirakawa, Akane Kawaguchi, Mami Nomura, Atsushi Nakamura, Noriaki Namba, Mitsufumi Matsumoto, Tsuyoshi Tanaka, Tomoko Yoshino, Rina Higuchi, Akihiro Yamamoto, Tadanobu Maruyama, Aika Yamaguchi, Akihiro Uzuka, Shinya Miyagishima, Goro Tanifuji, Masanobu Kawachi, Yusuke Kinoshita & Hitoshi Tamiaki

The ISME Journal   13   1899 - 1910   2019年2月

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光合成が生態系に重要な役割にある一方で，光合成色素であるクロロフィルは危険な活性酸素の発生源となる負の側面を有する（＝クロロフィルの光毒性）。本研究では光合成微生物を捕食する広範な微生物が，クロロフィルを無害化する仕組みを有することを明らかにした。この仕組みは，初期の真核生物において確立し，その後の酸素に満ちた地球環境で，「藻類食」生物として真核生物の大繁栄を導き，現在の多様な藻類の誕生にも大きく関わったと考えられる。

Ultrafast excited state dynamics of nonfluorescent cyclopheophorbide-a enol, a catabolite of chlorophyll-a detoxified in algae-feeding aquatic microbes 査読

Chikashi Ota, Keita Sugihara, Yusuke Kinoshita, Yuichiro Kashiyama, Yutaka Nagasawa and Hitoshi Tamiaki

Photochemical & Photobiological Sciences   doi: 10.1039/c8pp00173a   2018年9月

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CPEの無蛍光性を理解すべく，高速時間分光解析に基づいてこの分子の光化学的な特性を調べ，報告した。

In vivo and in vitro preparation of divinyl-13(2),17(3)-cyclopheophorbide-a enol 査読

Yusuke Kinoshita, Motoki Kayama, Yuichiro Kashiyama, Hitoshi Tamiaki

Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters   28   1090 - 1092   2018年2月

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ピコシアノバクテリアが特異的に産生するジビニルクロロフィル類のCPE代謝産物を同定し，その化学的性質を報告した。

Complete genome of a non-photosynthetic cyanobacterium in a rhopalodiacean diatom: Insight into bacterium-eukaryote endosymbiosis 査読

T. Nakayama, R. Kamikawa, G. Tanifuji, Y. Kashiyama, N. Ohkouchi, J.M. Archibald, Y. Inagaki

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   111   11407 - 11412   2014年7月

13²,17³-Cyclopheophorbide b enol as a catabolite of chlorophyll b in phycophagy by protists 査読

Y. Kashiyama, A. Yokoyama, T. Shiratori, I. Inouye, Y. Kinoshita, T. Mizoguchi, H. Tamiaki

FEBS Letters   587   2578 - 2583   2013年8月

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プロティストの藻類捕食にともない，クロロフィルｂがクロロフィルａと同様な代謝反応により分解され，シクロフェオフォイルバイドｂエノールを生じることを示した。

High-resolution lithostratigraphy and organic carbon isotope stratigraphy of the Lower Triassic pelagic sequence in central Japan 査読

H. Sakuma, R. Tada, M. Ikeda, Y. Kashiyama, N. Ohkouchi, N.O. Ogawa, S. Watanabe, E. Tajika, S. Yamamoto

Island Arc   21 ( 2 )   79 - 100   2012年6月

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遠洋域で形成された堆積岩の記録，特に含まれる有機炭素の安定同位体組成の揺らぎに基づいて，中生代初期の不安定な地球環境を論じた。

Implications for chloro- and pheopigment synthesis and preservation from combined compound-specific δ¹³C, δ¹⁵N, and Δ¹⁴C analysis 査読

Kusch, Y. Kashiyama, N.O. Ogawa, M. Altabet, M. Butzin, J. Friedrich, N. Ohkouchi, G. Mollenhauer

Biogeosciences   7 ( 12 )   1 - 14   2010年12月

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黒海の海底の表層堆積物に関して，藻類の生産するクロロフィル分子に由来する化合物の炭素１４年代と窒素の安定同位体組成に基づいて，有機物の埋積過程を論じた。

The First Experimental Demonstration of Side Chain Extension of Geoporphyrins in Sediments 査読

K. Asahina, J. Asano, G. Kumagai, M. Satou, K. Nomoto, Y. Kashiyama, H. Mita, S. Nomoto

Chemistry Letters   39   1267 - 1269   2010年11月

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地層中に残されたクロロフィルの分子化石である化石ポルフィリンの，テトラピロール環周辺官能基の熱続成作用による変化を実験的に示した。

Nitrogen and carbon isotopic compositions of copper, nickel, and vanadyl porphyrins in Cretaceous black shales 査読

Y. Kashiyama, N.O. Ogawa, S. Nomoto, H. Kitazato, N. Ohkouchi

In: N. Ohkouchi, I. Tayasu, K. Koba (eds.) Earth, Life, and Isotopes, Kyoto University Press, Kyoto   313 - 335   2010年8月

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白亜紀の海洋無酸素事変当時に形成された黒色頁岩中に含まれる，様々な金属ポルフィリンを抽出・単離して，その炭素と窒素の安定同位体組成を調べることで，当時の海洋環境や，クロロフィルが化石ポルフィリンとして保存される過程を論じた。

Isolation and desalting with cation-exchange chromatography for compound-specific nitrogen isotope analysis of amino acids: application to biogeochemical samples 査読

Y. Takano, Y. Kashiyama, N.O. Ogawa, Y. Chikaraishi, N. Ohkouchi

Rapid Communications in Mass Spectrometry   24 ( 26 )   2317 - 2323   2010年8月

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アミノ酸の窒素安定同位体組成を測定するための前処理における同位体分別効果を検討し，同位体組成測定に有効なメソッドの開発を行った。

Isotopomers of chlorophyll nuclei: Theory and application 査読

N. Ohkouchi, Y. Chikaraishi, Y. Kashiyama, N.O. Ogawa

In: N.Ohkouchi, I. Tayasu, K. Koba (eds.) Earth, Life, and Isotopes, Kyoto University Press, Kyoto   271 - 290   2010年8月

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クロロフィルのテトラピロール構造を構成する炭素原子の生化学的な起源を論じ，それぞれの位置の炭素の安定同位体組成の違いが生物の生理を記録する可能性を示唆した。

Total synthesis of 17-nor-Deoxophylloerythroetioporphyrin 査読

Nomoto, J. Asano, K. Asahina, H. Mita, Y. Kashiyama

Bulletin of the Chemical Society of Japan   83 ( 7 )   819 - 821   2010年6月

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クロロフィルｃを起源とすると考えられる化石ポルフィリンである17-ノルＤＰＥＰの全合成に成功した。