論文 - 柏山　祐一郎

Substrate specificities in the chlorophyll catabolism of aquatic protists determined with in vivo phagocytotic assays 査読

Yuichiro Kashiyama, Shizuka Miichi, Hiroki Imanishi, Moe Maruyama, Shin Ogasawara, Hitoshi Tamiaki

Plant and Cell Physiology   66 ( pcae136 )   1 - 11   2024年11月

Stable nuclear transformation methods for Euglena gracilis and its application to a related Euglenida 査読

M. Nakazawa, H. Andoh, H. Tsujii, K. Amada, H. Okuno, Y. Gejima, K. Iizuka, D. Haruguchi, M. Maruyama, Y. Kashiyama, M. Ueda, K. Miyatake, T. Sakamoto

Algal Research   75   103292   2023年10月

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Euglenidaを代表する光合成生物Euglena gracilisと盗葉緑体生物Rapaza viridisの形質転換を報告した。

Horizontally acquired nitrate reductase realized kleptoplastic photoautotrophy of Rapaza viridis 査読

Maruyama, M., Kagamoto, T., Matsumoto, Y., Onuma, R., Miyagishima, S., Goro Tanifuji, G., Nakazawa, M., Kashiyama, Y.

Plant and Cell Physiology   64   1082–1090   2023年5月

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盗葉緑体生物ラパザ無機窒素利用について，遺伝子水平転移により獲得された硝酸還元酵素を同定し，生化学的にその機能を証明した。また，初となるラパザのゲノム編集を報告した。

ユーグレノイド鞭毛虫Rapaza viridis による盗葉緑体現象

丸山萌・柏山祐一郎

月刊細胞   55   375-378   2023年5月

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ラパザの盗葉緑体現象と，硝酸還元酵素に関する研究を紹介した。

Predicted structure of the BciC enzyme catalyzing the removal of the C13(2)‑methoxycarbonyl group for biosynthesis of chlorosomal chlorophylls: A mechanism for dual catalytic functions of hydrolysis and decarboxylation inside its active site 査読

M. Hirose, J. Harada, Y. Kashiyama, and H. Tamiaki

Biochemistry   62   1443-1451   2023年4月

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バクテリオクロロフィルc,d,eの生合成経路で機能するタンパク質BciCの機能と反応機構を生化学的に証明した。

Euglenozoan kleptoplasty illuminates the early evolution of photoendosymbiosis 査読

Karnkowska, A., Yubuki, N., Maruyama, M., Yamaguchi, A., Kashiyama, Y., Suzaki, T., Keeling, P. J., Hampl, V., Leander, B. S.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   120   e2220100120   2023年3月

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Euglenida鞭毛虫ラパザによると葉緑体現象を報告し，その細胞生物学的な論述と，盗葉緑体に標的されることが推定された様々な藻類からの水平転移遺伝子の存在について論じた。

Nitrate assimilation underlying kleptoplasty 査読

Maruyama, M., Kagamoto, T., Matsumoto, Y., Onuma, R., Miyagishima, S., Goro Tanifuji, G., Nakazawa, M., Kashiyama, Y.

bioRxiv   doi: 10.1101/2022.12.04.518691   2022年11月

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盗葉緑体現象を示す鞭毛虫Rapaza viridisの無機窒素代謝を明らかにした。R. viridisが水平転移によって獲得した硝酸還元酵素RvNaRLを同定し，これが硝酸同化に関与していることを証明した。ここでは，同生物で初めてRNAiによるノックダウン実験とCRISPR-Cas9によるノックアウト実験を確立し，得られた変異体はアンモニウムを供給した場合にのみ著しい成長を示したが，硝酸塩を供給した場合には実質的な成長は見られなかった。これらから，R. viridisは硝酸同化経路を獲得したことで，他に類を見ない高度な盗葉緑体現象を実現したと考えられた。

Euglenozoan kleptoplasty illuminates the early evolution of photoendosymbiosis 査読

Karnkowska, A., Yubuki, N., Maruyama, M., Yamaguchi, A., Kashiyama, Y., Suzaki, T., Keeling, P. J., Hampl, V., Leander, B. S.

bioRxiv   doi: 10.1101/2022.11.29.517283   2022年10月

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ユーグレノイドRapaza viridisが，緑藻類のTetraselmis sp.に由来するクレプトプラストのみを持ち，姉妹グループのユーグレナ藻類で見られるような真のプラスティドは持たないことを報告した。R. viridisは明暗サイクルに応答して細胞質多糖の蓄積に動的な変化を示し，これらの多糖が盗葉緑体の光合成によって生成されることが示された。また，盗葉緑体標的タンパク質と推定される247の配列と輸送体と推定される35の配列を同定した。これらの遺伝子は，多様な藻類に由来しており，餌藻類細胞から遺伝子水平移動現象が繰り返されたことが示唆された。

Genome evolution of a nonparasitic secondary heterotroph, the diatom Nitzschia putrida 査読

Kamikawa, R., Mochizuki, T., Sakamoto, M., Tanizawa, Y., Nakayama, T., Onuma, R., Cenci, U., Moog, D., Speak, S., Sarkozi, K., Toseland, A., van, Oosterhout, C., Oyama, K., Kato, M., Kume, K., Kayama, M., Azuma, T., Ishii, KI., Miyashita, H., Henrissat, B., Lombard, V., Win, J., Kamoun, S., Kashiyama, Y., Mayama, S., Miyagishima, SY., Tanifuji, G., Mock, T., Nakamura, Y.

Science Advances   8(17)   eabi5075.   2022年4月

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光合成をしない浸透栄養性の自由生活珪藻のゲノムを解読した。遺伝子の消失に加えて，異化代謝遺伝子群の蓄積や細胞壁や細胞外代謝に関わる遺伝子群の急速な多様化が，自由生活型の二次的な従属栄養生物の進化を促進させたと考えられた。

Engineered chlorophyll catabolism conferring predator resistance for microalgal biomass production 査読

Yuichiro Kashiyama, Yuki Ishizuka, Issei Terauchi, Toshiki Matsuda, Yoshiaki Maeda, Tomoko Yoshino, Mitsufumi Matsumoto, Akinori Yabuki, Chris Bowler, Tsuyoshi Tanaka

Metabolic Engineering   66   79 - 86   2021年4月

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微細藻類産業を商業的に成立させるうえで，藻類の捕食者による生物汚染により屋外培養が困難であることは最大の問題の1つである。本研究では，微細藻類の捕食者に対処するため，植物クロロフィラーゼ（CLH）を珪藻に過剰発現させたところ，捕食者に対する抵抗力の増強が確認された。この結果は，微細藻類が捕食者に消化される際に，CLHがクロロフィルから光毒性であるクロロフィリドを生成することで，捕食者にダメージを与えるという仮説を支持した。

Taming chlorophylls by early eukaryotes underpinned algal interactions and the diversification of the eukaryotes on the oxygenated Earth 査読

Yuichiro Kashiyama, Akiko Yokoyama, Takashi Shiratori, Sebastian Hess, Fabrice Not, Charles Bachy, Andres Gutierrez-Rodriguez, Jun Kawahara, Toshinobu Suzaki, Masami Nakazawa, Takahiro Ishikawa, Moe Maruyama, Mengyun Wang, Man Chen, Yingchun Gong, Kensuke Seto, Maiko Kagami, Yoko Hamamoto, Daiske Honda, Takahiro Umetani, Akira Shihongi, Motoki Kayama, Toshiki Matsuda, Junya Taira, Akinori Yabuki, Masashi Tsuchiya, Yoshihisa Hirakawa, Akane Kawaguchi, Mami Nomura, Atsushi Nakamura, Noriaki Namba, Mitsufumi Matsumoto, Tsuyoshi Tanaka, Tomoko Yoshino, Rina Higuchi, Akihiro Yamamoto, Tadanobu Maruyama, Aika Yamaguchi, Akihiro Uzuka, Shinya Miyagishima, Goro Tanifuji, Masanobu Kawachi, Yusuke Kinoshita & Hitoshi Tamiaki

The ISME Journal   13   1899 - 1910   2019年2月

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光合成が生態系に重要な役割にある一方で，光合成色素であるクロロフィルは危険な活性酸素の発生源となる負の側面を有する（＝クロロフィルの光毒性）。本研究では光合成微生物を捕食する広範な微生物が，クロロフィルを無害化する仕組みを有することを明らかにした。この仕組みは，初期の真核生物において確立し，その後の酸素に満ちた地球環境で，「藻類食」生物として真核生物の大繁栄を導き，現在の多様な藻類の誕生にも大きく関わったと考えられる。

クロロフィルを制した者が光環境を征した？光合成生物を「食べる」生き様の舞台裏 招待 査読

柏山祐一郎，横山亜紀子，民秋均

光合成研究   25 ( 1 )   58 - 70   2015年4月

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クロロフィルの光増感作用について概説し，微細藻類捕食プロティストによるクロロフィルの解毒機構について解説した。

Risk management of organisms against the phototoxicity of chlorophylls 招待 査読

Chemistry Letters   43   148 - 156   2014年1月

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クロロフィルの光毒性に関して，真核生物がどのような生化学的戦略をとっているかに関する最新の研究をレビューを行った。すなわち，シロイヌナズナなど陸上植物の枯葉に伴うクロロフィルの無色・無蛍光の誘導体への精密・丁寧な代謝分解と，水圏生物の微細藻類補食に伴う有色・無蛍光誘導体への迅速な代謝を比較し，リスク管理の観点からプロセスの進化を論じた。

Ubiquity and quantitative significance of detoxification catabolism of chlorophyll associated with protistan herbivory 査読

Y. Kashiyama, A.Yokoyama, Y.Kinoshita, S. Shoji, H. Miyashita, T. Shiratori, H. Suga, K. Ishikawa, A. Ishikawa, A. Ishikawa, I. Inouye, K. Ishida, D. Fujinuma, K. Aoki, M. Kobayashi, S. Nomoto, T. Mizoguchi, H. Tamiaki

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   109 ( 43 )   17328 - 17335   2012年10月

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水圏環境のプロティストによるクロロフィル類の解毒代謝機構を発見し，さらに地球科学的アプローチから，その量的重要性（特にピコ藻類捕食者として）を世界で初めて示した。

Impact of the evolution of carbonate ballasts on marine biogeochemistry in the Mesozoic and associated changes in energy delivery to subsurface waters 査読

Y. Kashiyama, K. Ozaki, E. Tajika

Paleontological Research   15 ( 2 )   89 - 99   2011年6月

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大気から炭酸塩としてCO2を除去する機構には有殻プロティストの存在が重要であり，これらプロティストの中生代における進化が現在の地球表層環境をもたらしたことを論じた。

化石ポルフィリンのタフォノミー：分子レベル同位体指標としてのポテンシャルを引き出すために 招待 査読

柏山祐一郎

Research in Organic Geochemistry   26   39 - 71   2010年12月

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海洋や湖沼環境で藻類が生産するクロロフィルが，海底・湖底に堆積して，地質記録中に「化石ポルフィリン」と呼ばれる安定な有機分子として保存されていく過程について論じ，化石ポルフィリンを用いた古環境復元の可能性について論じた。

Tracking aquatic change using chlorin-specific carbon and nitrogen isotopes: The last glacial-interglacial transition at Lake Suigetsu, Japan 査読

J. Tyler, Y. Kashiyama, N. Ohkouchi, N. Ogawa, Y. Yokoyama, Y. Chikaraishi, R.A. Staff, M. Ikehara, C. Bronk Ramsey, C. Bryant, F. Brock, K. Gotanda, T. Haraguchi, H. Yonenobu, T. Nakagawa, Suigetsu 2006 Project Members

Geochemistry, Geophysics, Geosystems   11   Q09010   2010年9月

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福井県の三方五湖のうちの水月湖で得られた堆積物コア試料からクロロフィル由来の分子を抽出し，その炭素と窒素の安定同位体組成から，氷河期における気候変動の復元を試みた。

Reconstructing the life history of modern and fossil nautiloids based on the nitrogen isotopic composition of shell organic matter and amino acids 査読

Y. Kashiyama, N.O. Ogawa, Y. Chikaraishi, N. Kashiyama, S. Sakai, K. Tanabe, and N. Ohkouchi

In: K. Tanabe, Y. Shigeta, T. Sasaki, H. Hirano (eds.), Cephalopod-Present and Past   67 - 75   2010年5月

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オウムガイの殻に含まれる有機物の窒素安定同位体組成を，殻の成長方向に順を追って測定する事で，オウムガイの成長にともなう栄養源の変遷の復元を試みた。

Evidence of Global Chlorophyll d 査読

Y. Kashiyama, H. Miyashita, S. Ohkubo, N.O. Ogawa, Y. Chikaraishi, Y. Takano, H. Suga, T. Toyofuku, H. Nomaki, H. Kitazato, T. Nagata, N. Ohkouchi

Science   321 ( 5889 )   658   2008年8月

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地球化学的アプローチ（海洋・湖沼堆積物の色素バイオマーカー分析）から，クロロフィルｄ　を生産する生物があらゆる水圏環境に分布していることを世界で初めて示した。

Reconstruction of the biogeochemistry and ecology of photoautotrophs based on the nitrogen and carbon isotopic compositions of vanadyl porphyrins from Miocene siliceous sediments 査読

Y. Kashiyama, N.O. Ogawa, M. Shiro, R. Tada, H. Kitazato, and N. Ohkouchi

Biogeosciences   5   797 - 816   2008年5月

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新生代中新世に日本海が形成された当時に，現在の秋田県に開いたトラフ状海盆で形成されたオイルシェール中に含まれる化石ポルフィリンに関して，その炭素と窒素の安定同位体組成から石油根源岩形成環境の復元を試みた。

Diazotrophic cyanobacteria as the major photoautotrophs during mid-Cretaceous Oceanic Anoxic Events: nitrogen and carbon isotopic evidence of sedimentary porphyrin 査読

Y. Kashiyama, N.O. Ogawa, J. Kuroda, H. Kitazato, N. Ohkouchi

Organic Geochemistry   39 ( 5 )   532 - 549   2008年1月

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クロロフィルの分子化石である化石ポルフィリンの窒素と炭素の安定同位体組成から，白亜紀の海洋無酸素事変当時の海洋では，窒素固定シアノバクテリアが重要な基礎生産者であった可能性を論じた。

Metabolic control of nitrogen isotope composition of amino acids in macroalgae and gastropods: implications for aquatic food web studies 査読

Y. Chikaraishi, Y. Kashiyama, N.O. Ogawa, H. Kitazato, N. Ohkouchi

Marine Ecology Progress Series   342   85 - 90   2007年7月

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岩礁地帯における大型藻類と巻き貝の組織に含まれるアミノ酸の窒素安定同位体組成を測定し，グルタミン酸とフェニルアラニンの値の差が生物の栄養段階を定量的に反映することを示した。

Low diversity Smithian (Lower Triassic) fauna from northeast Japan: Paleoecologic and paleobiogeographic implications 査読

Y. Kashiyama, T. Oji

Paleontological Research   8 ( 3 )   199 - 218   2004年9月

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気仙沼・南三陸地域に露出する下部三畳系の堆積岩とそこに含まれる海洋底生生物の化石群集を研究し，ペルム紀末の大量絶滅の後数百万年以上経過した時期においても生物多様性の回復は非常に遅れていたことを示した。

Genesis of a locality of Exceptional Fossil Preservation: Paleoenvironments of Tepexi de Rodgriguez (mid-Cretaceous, Puebla, Mexico) 査読

Y. Kashiyama, D.E. Fastovsky，S. Rutherford，J.W. King，M. Montellano

Cretaceous Research   25 ( 1 )   153 - 177   2004年2月

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メキシコに露出する白亜紀に形成された非常に保存の良い化石を多量に算出する石灰岩に関して，堆積学と統計学の融合的な研究手法によって形成メカニズムを考察した。

NADPH-to-NADH conversion by mitochondrial transhydrogenase is indispensable for sustaining anaerobic metabolism in Euglena gracilis 査読

Masami Nakazawa, Mutsuki Takahashi, Ryuta Hayashi, Yuki Matsubara, Yuichiro Kashiyama, Mitsuhiro Ueda, Hiroshi Inui, Tatsuji Sakamoto

FEBS Letters   595   2922 - 2930   2021年11月

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ミドリムシの嫌気性ミトコンドリアでは，ワックスエステル生成を伴うATP生成においてNADHが必須である。本研究では，NADPH/NAD+をNADP+/NADHに変換するニコチンアミドヌクレオチドトランスヒドロゲナーゼ（NNT）とNADP+依存性リンゴ酵素が嫌気性代謝の維持に不可欠であることが分かった。よって，解糖で生成された還元力がリンゴ酸としてミトコンドリアに輸送され，そこで細胞質NAD+の再生とミトコンドリアNADPHの生成が連動していることを示唆した。

Bacterium lacking a known gene for retinal biosynthesis constructs functional rhodopsins 査読

Yu Nakajima, Keiichi Kojima, Yuichiro Kashiyama, Satoko Doi, Ryosuke Nakai, Yuki Sudo, Kazuhiro Kogure, Susumu Yoshizawa

Microbes and Environments   35 ( 4 )   ME20085   2020年12月

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既知のレチナール合成酵素を持たないがロドプシン遺伝子を有するバクテリアについて，レチナールの自家での生合成とロドプシンの機能を生化学的に証明した。

A non-photosynthetic green alga illuminates the reductive evolution of plastid electron transport systems 査読

Motoki Kayama, Jun-Feng Chen, Takashi Nakada, Yoshiki Nishimura, Toshiharu Shikanai, Tomonori Azuma, Hideaki Miyashita, Shinichi Takaichi, Yuichiro Kashiyama, Ryoma Kamikawa

BMC Biology   18   126   2020年9月

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自由生活型の無色緑藻が保持している非光合成色素体の色素体ゲノムを解読し，その機能を推定すると共に，色素体内での酸化還元反応に関連する因子の生化学的解析を行った。

Inventory and Evolution of Mitochondrion-localized Family A DNA Polymerases in Euglenozoa 査読

Ryo Harada, Yoshihisa Hirakawa, Akinori Yabuki, Yuichiro Kashiyama, Moe Maruyama, Ryo Onuma, Petr Soukal, Shinya Miyagishima, Vladimir Hampl, Goro Tanifuji, Yuji Inagaki

Pathogens   9 ( 4 )   257   2020年4月

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ユーグレノゾア生物におけるミトコンドリア局在のDNAポリメラーゼの進化に関する論文。

Comparative plastid genomics of cryptomonas species reveals fine-scale genomic responses to loss of photosynthesis 査読

Goro Tanifuji, Ryoma Kamikawa, Christa E. Moore, Tyler Mills, Naoko T. Onodera, Yuichiro Kashiyama, John M. Archibald, Yuji Inagaki, and Tetsuo Hashimoto

Genome Biology and Evolution   12 ( 2 )   3926 - 3937   2020年1月

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光合成能を喪失して従属栄養生物として進化したクリプト藻のゲノム解析から，プラスチド関連遺伝子の選択的な保存を報告・論じた。

Taming chlorophylls by early eukaryotes underpinned algal interactions and the diversification of the eukaryotes on the oxygenated Earth 査読

Yuichiro Kashiyama, Akiko Yokoyama, Takashi Shiratori, Sebastian Hess, Fabrice Not, Charles Bachy, Andres Gutierrez-Rodriguez, Jun Kawahara, Toshinobu Suzaki, Masami Nakazawa, Takahiro Ishikawa, Moe Maruyama, Mengyun Wang, Man Chen, Yingchun Gong, Kensuke Seto, Maiko Kagami, Yoko Hamamoto, Daiske Honda, Takahiro Umetani, Akira Shihongi, Motoki Kayama, Toshiki Matsuda, Junya Taira, Akinori Yabuki, Masashi Tsuchiya, Yoshihisa Hirakawa, Akane Kawaguchi, Mami Nomura, Atsushi Nakamura, Noriaki Namba, Mitsufumi Matsumoto, Tsuyoshi Tanaka, Tomoko Yoshino, Rina Higuchi, Akihiro Yamamoto, Tadanobu Maruyama, Aika Yamaguchi, Akihiro Uzuka, Shinya Miyagishima, Goro Tanifuji, Masanobu Kawachi, Yusuke Kinoshita & Hitoshi Tamiaki

The ISME Journal   13   1899 - 1910   2019年2月

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光合成が生態系に重要な役割にある一方で，光合成色素であるクロロフィルは危険な活性酸素の発生源となる負の側面を有する（＝クロロフィルの光毒性）。本研究では光合成微生物を捕食する広範な微生物が，クロロフィルを無害化する仕組みを有することを明らかにした。この仕組みは，初期の真核生物において確立し，その後の酸素に満ちた地球環境で，「藻類食」生物として真核生物の大繁栄を導き，現在の多様な藻類の誕生にも大きく関わったと考えられる。

Ultrafast excited state dynamics of nonfluorescent cyclopheophorbide-a enol, a catabolite of chlorophyll-a detoxified in algae-feeding aquatic microbes 査読

Chikashi Ota, Keita Sugihara, Yusuke Kinoshita, Yuichiro Kashiyama, Yutaka Nagasawa and Hitoshi Tamiaki

Photochemical & Photobiological Sciences   doi: 10.1039/c8pp00173a   2018年9月

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CPEの無蛍光性を理解すべく，高速時間分光解析に基づいてこの分子の光化学的な特性を調べ，報告した。

In vivo and in vitro preparation of divinyl-13(2),17(3)-cyclopheophorbide-a enol 査読

Yusuke Kinoshita, Motoki Kayama, Yuichiro Kashiyama, Hitoshi Tamiaki

Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters   28   1090 - 1092   2018年2月

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ピコシアノバクテリアが特異的に産生するジビニルクロロフィル類のCPE代謝産物を同定し，その化学的性質を報告した。

Complete genome of a non-photosynthetic cyanobacterium in a rhopalodiacean diatom: Insight into bacterium-eukaryote endosymbiosis 査読

T. Nakayama, R. Kamikawa, G. Tanifuji, Y. Kashiyama, N. Ohkouchi, J.M. Archibald, Y. Inagaki

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   111   11407 - 11412   2014年7月

13²,17³-Cyclopheophorbide b enol as a catabolite of chlorophyll b in phycophagy by protists 査読

Y. Kashiyama, A. Yokoyama, T. Shiratori, I. Inouye, Y. Kinoshita, T. Mizoguchi, H. Tamiaki

FEBS Letters   587   2578 - 2583   2013年8月

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プロティストの藻類捕食にともない，クロロフィルｂがクロロフィルａと同様な代謝反応により分解され，シクロフェオフォイルバイドｂエノールを生じることを示した。

High-resolution lithostratigraphy and organic carbon isotope stratigraphy of the Lower Triassic pelagic sequence in central Japan 査読

H. Sakuma, R. Tada, M. Ikeda, Y. Kashiyama, N. Ohkouchi, N.O. Ogawa, S. Watanabe, E. Tajika, S. Yamamoto

Island Arc   21 ( 2 )   79 - 100   2012年6月

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遠洋域で形成された堆積岩の記録，特に含まれる有機炭素の安定同位体組成の揺らぎに基づいて，中生代初期の不安定な地球環境を論じた。

Implications for chloro- and pheopigment synthesis and preservation from combined compound-specific δ¹³C, δ¹⁵N, and Δ¹⁴C analysis 査読

Kusch, Y. Kashiyama, N.O. Ogawa, M. Altabet, M. Butzin, J. Friedrich, N. Ohkouchi, G. Mollenhauer

Biogeosciences   7 ( 12 )   1 - 14   2010年12月

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黒海の海底の表層堆積物に関して，藻類の生産するクロロフィル分子に由来する化合物の炭素１４年代と窒素の安定同位体組成に基づいて，有機物の埋積過程を論じた。

The First Experimental Demonstration of Side Chain Extension of Geoporphyrins in Sediments 査読

K. Asahina, J. Asano, G. Kumagai, M. Satou, K. Nomoto, Y. Kashiyama, H. Mita, S. Nomoto

Chemistry Letters   39   1267 - 1269   2010年11月

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地層中に残されたクロロフィルの分子化石である化石ポルフィリンの，テトラピロール環周辺官能基の熱続成作用による変化を実験的に示した。

Nitrogen and carbon isotopic compositions of copper, nickel, and vanadyl porphyrins in Cretaceous black shales 査読

Y. Kashiyama, N.O. Ogawa, S. Nomoto, H. Kitazato, N. Ohkouchi

In: N. Ohkouchi, I. Tayasu, K. Koba (eds.) Earth, Life, and Isotopes, Kyoto University Press, Kyoto   313 - 335   2010年8月

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白亜紀の海洋無酸素事変当時に形成された黒色頁岩中に含まれる，様々な金属ポルフィリンを抽出・単離して，その炭素と窒素の安定同位体組成を調べることで，当時の海洋環境や，クロロフィルが化石ポルフィリンとして保存される過程を論じた。

Isolation and desalting with cation-exchange chromatography for compound-specific nitrogen isotope analysis of amino acids: application to biogeochemical samples 査読

Y. Takano, Y. Kashiyama, N.O. Ogawa, Y. Chikaraishi, N. Ohkouchi

Rapid Communications in Mass Spectrometry   24 ( 26 )   2317 - 2323   2010年8月

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アミノ酸の窒素安定同位体組成を測定するための前処理における同位体分別効果を検討し，同位体組成測定に有効なメソッドの開発を行った。

Isotopomers of chlorophyll nuclei: Theory and application 査読

N. Ohkouchi, Y. Chikaraishi, Y. Kashiyama, N.O. Ogawa

In: N.Ohkouchi, I. Tayasu, K. Koba (eds.) Earth, Life, and Isotopes, Kyoto University Press, Kyoto   271 - 290   2010年8月

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クロロフィルのテトラピロール構造を構成する炭素原子の生化学的な起源を論じ，それぞれの位置の炭素の安定同位体組成の違いが生物の生理を記録する可能性を示唆した。

Total synthesis of 17-nor-Deoxophylloerythroetioporphyrin 査読

Nomoto, J. Asano, K. Asahina, H. Mita, Y. Kashiyama

Bulletin of the Chemical Society of Japan   83 ( 7 )   819 - 821   2010年6月

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クロロフィルｃを起源とすると考えられる化石ポルフィリンである17-ノルＤＰＥＰの全合成に成功した。

Determination of aquatic food-web structure based on compound-specific nitrogen isotopic composition of amino acids 査読

Y.　Chikaraishi, N.O. Ogawa, Y. Kashiyama, Y. Takano, H. Suga, A. Tomitani, H. Miyashita, H. Kitazato, N. Ohkouchi

Limnology and Oceanography: Methods   7   740 - 750   2009年1月

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生物の組織を構成するアミノ酸の窒素の安定同位体組成に基づいて，その生物の食物網における栄養段階を指標化する新しい方法論について論じた。

A compound-specific isotope method for measuring the stable nitrogen isotopic composition of tetrapyrroles 査読

Y. Chikaraishi, Y. Kashiyama, N.O. Ogawa, H. Kitazato, M. Satoh, S. Nomoto, N. Ohkouchi

Organic Geochemistry   39 ( 5 )   510 - 520   2008年1月

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クロロフィルとその誘導体の窒素の安定同位体組成を決定する新しい手法を開発した。

藻類・植物・堆積物に含まれるクロロ色素・フェオ色素のHPLC/MSによる解析 査読

Y. Chikaraishi, Y. Kashiyama, N. Ohkouchi

Researches in Organic Geochemistry   22   43 - 55   2007年12月

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藻類や植物，あるいは堆積物中に含まれるクロロフィルとその誘導体のＨＰＬＣ／ＭＳを用いた分析法開発を行った。

A novel vanadyl alkylporphyrins from geological samples: a possible derivative of divinylchlorophylls or bacteriochlorophyll a? 査読

Y. Kashiyama, M. Shiro, R. Tada, N. Ohkouchi

Chemistry Letters   36 ( 6 )   706   2007年6月

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新規化石ポルフィリンの化学構造を決定し,その起源がジビニルクロロフィル類かバクテリオクロロフィルａに求められる可能性を論じた。

An improved method for isolation and purification of sedimentary porphyrins by high-performance liquid chromatography for compound-specific isotopic analysis 査読

Y. Kashiyama, H. Kitazato, N. Ohkouchi

Journal of Chromatograpgy A   1138   73 - 83   2007年1月

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堆積岩中からクロロフィルに起源する有機分子である化石ポルフィリンを抽出し，その分子レベルでの安定同位体組成を測定するための前処理法，特にＨＰＬＣのメソッド開発を行った。

An importance of cyanobacteria as a primary producer during Cretaceous Oceanic Anoxic Event 2 査読

N. Ohkouchi, Y. Kashiyama, J. Kuroda, N.O. Ogawa, H. Kitazato

Biogeosciences   3   575 - 605   2006年10月

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イタリアに露出する白亜紀のボナレリ黒色頁岩からＤＰＥＰと呼ばれる化石ポルフィリンを単離・精製し，その窒素同位体組成の分析結果から，当時の海洋の一次生産が窒素固定シアノバクテリアに支えられていたという仮説を示した。

Stable carbon and nitrogen compositions of photosynthetic pigments as tracers for elemental cycle in the modern- and paleo-environments 査読

N. Ohkouchi, Y. Nakajima, N.O. Ogawa, H. Suga, Y. Kashiyama, K.　Matsumoto, Y. Chikaraishi, K. Oguri, H. Kitazato

Frontier Research on Earth Evolution   2   1 - 4   2006年

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環境中から見つかるクロロフィルの誘導体の炭素と窒素の安定同位体の組成に基づいて現在や過去の海洋環境の物質循環を研究する方法論を論じた。

西南日本内帯のチャート層に連続的に記録された古生代後期～中生代前期の古海洋システム変動の高解像度解析

多田隆二・渡部哲子・柏山祐一郎・田近英一・加藤拓弥・山本信治・磯崎裕子・佐久間広展

地学雑誌   114   638 - 642   2005年

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古生代後期から中生代前期にかけて連続して堆積した遠洋性のチャート（形質堆積岩）を用いて，古海洋のシステム変動を研究する試みを報告した。