Updated on 2021/08/31

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Yoshitaka Kimori
 

Degree

  • PhD   Coursework ( 2006.9   Kyushu Institute of Technology )

Research Areas

  • Informatics / Intelligent robotics

  • Informatics / Perceptual information processing

  • Life Science / Medical systems

Education

  • Kyushu Institute of Technology   Departmemt of Bioscience and Bioinformatics   Graduated

    1997.4 - 2001.3

  • Kyushu Institute of Technology   Master's Course   Completed

    2001.4 - 2003.3

  • Kyushu Institute of Technology   Major of Computer Science and Systems Engineering   Doctor's Course   Accomplished credits for doctoral program

    2003.4 - 2006.3

Research History

  • The University of Tokyo

    2006.4 - 2006.9

  • The University of Tokyo   The institute of medical science

    2006.10 - 2008.7

  • National center of neurology and psychiatry   National institute of Neuroscience   Researcher

    2008.8 - 2010.3

  • National institutes of natural sciences Center for Novel Science Initiatives

    2010.4 - 2011.9

  • National institutes of natural sciences Center for Novel Science Initiatives   Specially appointed assistant professor

    2011.10 - 2018.3

  • Fukui University of Technology   Associate Professor

    2018.4 - 2021.3

  • Fukui University of Technology   Professor

    2021.4

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Professional Memberships

  • IEEE

 

Papers

  • Aggregation of Partially Unfolded Myosin Subfragment-1 into Spherical Oligomers with Amyloid-Like Dye-Binding Properties Reviewed

    Komatsu H., Shinotani N., Kimori Y., Tokuoka J., Kaseda K., Nakagawa H., Kodama T.

    Journal of Biochemistry   139   989 - 996   2006.6

  • Procedure to Analyze Surface Profiles of the Protein Molecules Visualized by Quick-Freeze Deep-Etch Replica Electron Microscopy Reviewed

    Kimori Y., Oguchi Y., Ichise N., Baba N., Katayama E.

    Ultramicroscopy   107   25 - 39   2007.1

  • Extended Morphological Processing: A Practical Method for Automatic Spot Detection of Biological Markers from Microscopic Images Reviewed

    Kimori Y., BabaN., Morone N.

    BMC Bioinformatics   11   373   2010.7

  • Fractal Dimension Analysis and Mathematical Morphology of Structural Changes in Actin Filaments Imaged by Electron Microscopy Reviewed

    Kimori Y., Katayama E., Morone N., Kodama T.

    Journal of Structural Biology   176   1 - 8   2011.10

  • Myostatin-deficient medaka Exhibit a Double-muscling Phenotype with Hyperplasia and Hypertrophy, which Occur Sequentially During Post-hatch Development Reviewed

    Chisada S., Okamoto H., Taniguchi Y., Kimori Y., Toyoda A., Sakaki Y., Takeda S., Yoshiura Y.

    Developmental Biology   359   82 - 94   2011.11

  • Mathematical Morphology-based Approach to the Enhancement of Morphological Features in Medical Images Reviewed

    Kimori Y.

    Journal of Clinical Bioinformatics   1   33   2011.12

  • Gamma-ray irradiation promotes premature meiosis of spontaneously differentiating testis-ova in the testis of p53 deficient medaka (Oryzias latipes) Reviewed

    Yasuda T., Oda S., Li Z., Kimori Y., Kamei Y., Tomoko I., Todo T., Mitani H.

    Cell Death and Disease   3   e395   2012.10

  • Novel Configuration of A Myosin II Transient Intermediate Analogue Revealed by Quick-Freeze Deep-Etch Replica Electron Microscopy Reviewed

    Kimori Y., Baba N., Katayama E.

    Biochemical Journal   450   23 - 35   2013.2

  • Morphological Image Processing for Quantitative Shape Analysis of Biomedical Structures: Effective Contrast Enhancement Reviewed

    Kimori Y.

    Journal of Synchrotron Radiation   20   848 - 853   2013.11

  • Single-Cell Phenomics in Budding Yeast Reviewed

    Ohya Y., Kimori Y., Okada H., Ohnuki S.

    Molecular Biology of the Cell   26   3920 - 3925   2015.11

  • Irradiation-injured Brain Tissues Can Self-Renew in The Absence of The Pivotal Tumor Suppressor p53 in The Medaka (Oryzias latipes) Embryo Reviewed

    Yasuda T., Kimori Y., Nagata K., Igarashi K., Watanabe-Asaka T., Oda S., Mitani H.

    Journal of Radiation Research   57   9 - 15   2016.1

  • Quantifying Morphological Features of Actin Cytoskeletal Filaments in Plant Cells Based on Mathematical Morphology Reviewed

    Kimori Y., Hikino K., Nishimura M., Mano S.

    Journal of Theoretical Biology   389   123 - 131   2016.1

  • Ultrastructure of Compacted DNA in Cyanobacteria by High-Voltage Cryo-Electron Tomography Reviewed

    Murata K., Hagiwara S., Kimori Y., Kaneko Y.

    Scientific Reports   6   34934   2016.10

  • Rabies Virus‐Mediated Oligodendrocyte Labeling Reveals A Single Oligodendrocyte Myelinates Axons from Distinct Brain Regions Reviewed

    Osanai Y., Shimizu T., Mori T., Yoshimura Y., Hatanaka N., Nambu A., Kimori Y., Kobayashi K., Ikenaka K.

    Glia   65   93 - 105   2017.1

  • YTH-RNA-binding protein prevents deleterious expression of meiotic proteins by tethering their mRNAs to nuclear foci Reviewed

    Shichino Y., Otsubo Y., Kimori Y., Yamamoto M., Yamashita A.

    eLife   7   e32155   2018.2

  • Different Activity Patterns in Retinal Ganglion Cells of TRPM1 and mGluR6 Knockout Mice Reviewed

    Takeuchi H., Horie S., Moritoh S., Matsushima H., Hori T., Kimori Y., Kitano K.,Tsubo Y., Tachibana M., Koike C.

    BioMed Research International   2963232   2018.5

     More details

    感覚受容に関わるTRP(transient receptor potential)familyの1つであるTRPM1は網膜に強く発現しており,ヒトTRPM1遺伝子の変異が完全型停止性夜盲症の原因になっていることが知られている.また,TRPM1は,網膜ON型双極細胞の樹状突起において,mGluR
    6(代謝型グルタミン酸受容体6)と共局在することが分かっている.本研究では,TRMP1とmGluR6ノックアウト(KO)マウスの網膜桿体ON型双極細胞の神経終末の構造解析を行い,TRMP1 KO網膜では,mGluR KO網膜よりもシナプス終末のサイズは有意に小さいことを見出した.このことは,桿体ON型双極細胞においては,mGluR6ではなく,TRMP1の欠損がシナプス終末の制術に影響を及ぼしていることを示唆している.

  • ANGUSTIFOLIA contributes to the regulation of three-dimensional morphogenesis in the liverwort Marchantia polymorpha Reviewed

    Furuya T., Hattori K., Kimori Y., Ishida S., Nishihama R., Kohchi T., Tsukaya H.

    Development   145 ( 18 )   dev161398   2018.9

     More details

    ANGUSTIFOLIA(AN)遺伝子は,シロイヌナズナにおいて葉の細胞の横幅方向への極性伸長等の制御に関与しており,その欠損株では,葉の形態に関し,野生型とは異なるいくつかの特有な表現型をもつ.ゼニゴケのAN遺伝子は,シロイヌナズナ中でのANと同等の機能をもつことが知られているが,その役割の詳細は未知である.ゼニゴケのANホモログのノックアウト変異体は,葉状体がねじれる等の表現型を呈す.本研究では,ANホモログの形態形成に関与する役割について調べた.

  • Endoplasmic Reticulum (ER) Membrane Proteins (LUNAPARKs) are Required for Proper Configuration of the Cortical ER Network in Plant Cells Reviewed

    Ueda H., Ohta N., Kimori Y., Uchida T., Shimada T., Tamura K., Hara-Nishimura I.

    Plant and Cell Physiology   59 ( 10 )   1931 - 1941   2018.10

     More details

    小胞体は,チューブ構造とシート構造が複雑に組み合わさり,細胞内で網目状に張り巡らされている.網目構造は,細胞骨格に依存した活発な運動によって常に再構成を繰り返している.この特徴的な構造は真核生物に広く保存されており,小胞体の形態形成因子の異常は生物に重篤な疾患をもたらす.従って,小胞体の形態と多機能性は密接に関連すると考えられるが,その形態形成と維持機構はほとんど解明されていない.本研究では,野生型の典型的な網目構造に加え,変異体における異常な小胞体ドメイン構造を解析した.

  • Heterogeneous distribution of doublecortin‐expressing cells surrounding the rostral migratory stream in the juvenile mouse Reviewed

    Aoyagi Y. Hibi T., Kimori Y., Sawada M., Kawakami R., Sawamoto K., Nemoto T.

    Journal of Comparative Neurology   526 ( 16 )   2631 - 2646   2018.11

     More details

    哺乳類の脳において,ニューロンは脳室下帯と海馬歯状回の2か所の領域に存在する神経幹細胞から,生涯を通じ新生する.特に,脳室下帯において新生したニューロンは移動能を有しておりrostral migratory stream(RMS)と呼ばれる経路に沿って嗅球に移動したのち,成熟したニューロンとして供給される.しかし,これまで,RMSに沿った移動に関する,新生ニューロンの3次元的な空間分布の詳細は不明であった.本研究では,2光子顕微鏡を用い,マウスの脳組織の3次元構造を撮影することにより,移動する新生ニューロンの空間分布の解析を行った.

  • Length of myelin internodes of individual oligodendrocytes is controlled by microenvironment influenced by normal and input‐deprived axonal activities in sensory deprived mouse models Reviewed

    Osanai Y., Shimizu T., Mori T., Hatanaka N., Kimori Y., Kobayashi K., Koyama S., Yoshimura Y., Nambu A., Ikenaka K.

    Glia   66 ( 11 )   2514 - 2525   2018.9

     More details

    本研究は,脳に分布するグリア細胞の一種である,オリゴデンドロサイト(稀突起グリア細胞)の髄鞘形成メカニズムを解明したものである.その機能を解明するためには,髄鞘構造に関する詳細な情報が必要であるが,顕微鏡を用いた観察では困難であった. 本研究では,蛍光顕微鏡像によって取得されたオリゴデンドロサイトの3Dデータに基づき,その髄鞘構造の可視化を実施し,機能発現機構の詳細を調べた.

  • Implications of maintenance of mother-bud neck size in diverse vital processes of Saccharomyces cerevisiae Reviewed

    Kubo K., Okada H., Shimamoto T., Kimori Y., Mizunuma M., Bi E., Ohnuki S., Ohya Y.

    Current Genetics   1 - 15   2018.7

     More details

    真核細胞のモデル系である出芽酵母では,ポストゲノム時代を迎えてフェノーム研究(表現型の網羅的研究)が盛んに行なわれるようになり,研究者の目に頼らない画像解析システムの開発の必要性が高まってきた.本手法では,大容量の画像中から酵母の領域を自動で検出し,母細胞から出芽する娘細胞の境界(bud neck)のサイズを定量的に記述する手法を開発し,そのサイズの維持が増殖等の細胞プロセスに重要であることを示した.

  • Autophagy controls reactive oxygen species homeostasis in guard cells that is essential for stomatal opening. Reviewed

    Yamauchi S., Mano S., Oikawa K., Hikino K., Teshima K.M., Kimori Y., Nishimura M., Shimazaki K.I., Takemiya A.

    Proceedings of the National Academy of Sciences   116 ( 38 )   19187 - 19192   2019.9

     More details

    植物表皮に存在する気孔の環境に応答した開閉制御には,気孔を構成する孔辺細胞内の活性酸素量を厳密に制御することが重要である.しかし,これまで,その仕組みについては知られていなかった.本研究は,オートファジーが細胞内の活性酸素の蓄積を抑制し,気孔開口制御にかかわっていることを発見したものである.
     共同研究者として,野生株とオートファジー変異株の気孔の顕微鏡写真を解析し,両者の細胞小器官の構造的差異を定量的に示した.

  • Noninvasive measurement of cell/colony motion using image analysis methods to evaluate the proliferative capacity of oral keratinocytes as a tool for quality control in regenerative medicine. Reviewed

    Hoshikawa E., Sato T., Kimori Y., Suzuki A., Haga K., Kato H., Tabeta K., Nanba D., Izumi K.

    Journal of tissue engineering   10   2041731419881528   2019.10

     More details

    本研究は,再生医療における培養細胞の非侵襲的モニタリングのための品質管理システムの開発を行ったものである.口腔ケラチノサイトを培養し,細胞やコロニーの動きを位相差顕微鏡でタイムラプス画像として取得した.そのデータに基づき,細胞培養の初期段階での細胞の増殖能力を解析した.
     共同研究者として,時間経過に伴うコロニー形態変化の解析手法を開発し,その動態と細胞増殖能に相関があることを定量的に示した.

  • A method for evaluating three-dimensional morphological features: a case study using Marchantia polymorpha. Reviewed

    Furuya T., Kimori Y., Tsukaya H.

    Frontiers in plant science   10   1214   2019.10

     More details

    本研究は,ゼニゴケの3次元形態特徴の解析を実施したものである.一般的に植物体の3次元構造は複雑であり,野生型と遺伝子の変異体の形状的差異は,目視では把握できない.そこで,本研究では,その差を数量的に表現・評価する手法を開発した.
    共同研究者として,X線マイクロトモグラフィ技術によって得られたゼニゴケ3次元データに対し,mathematical morphologyに基づく3次元形態特徴の抽出手法の開発を行った.さらにデータ可視化および統計的形態解析手法の開発も行った.

  • A morphological image processing method to improve the visibility of pulmonary nodules on chest radiographic images. Reviewed

    Kimori Y.

    Biomedical Signal Processing and Control   57   101744   2020.3

     More details

    胸部単純X線画像における肺結節影は,肺がんの特徴的な所見である.しかし,結節影は非常に弱いコントラストしかもたないことが多く,しばしば心臓や肋骨等と重なって映る.これまで,様々な画像強調方法によって結節影のコントラスト強調が試みられたが,肺野領域全体の強調処理が主であるため,結節影の特定に至らないケースが見られた.
     本研究では,mathematical morphologyを用いた新規の画像処理手法を開発し,複雑な背景の中から,肺結節影のみを特異的に強調することに成功した.

  • Dynamic Capture-and-Release of Endoplasmic Reticulum Exit Sites by Golgi Stacks in Arabidopsis Reviewed

    Junpei Takagi, Yoshitaka Kimori, Tomoo Shimada, Ikuko Hara-Nishimura

    iScience   23 ( 7 )   101265   2020.7

     More details

    小胞体(ER: endoplasmic reticulum)からゴルジ体へのタンパク質輸送は,ER上のER exit site(ERES)と呼ばれる領域に集積しているCOPII小胞が担っている.しかし,ERESとゴルジ体との動的な関連様式はこれまで不明であった.本研究は,シロイヌナズナのゴルジ体におけるERESの動的な捕捉・放出モデルを提案したものである.高時間分解能イメージングにより撮影された細胞試料の顕微鏡像を対象として,ER,ERES,COPII等の解析対象領域を抽出する画像処理手法を開発し,それらの時間,空間的な関連を解析した.

  • Thermosensitive TRPV4 channels mediate temperature-dependent microglia movement Reviewed

    Rei Nishimoto, Sandra Derouiche, Kei Eto, Aykut Deveci, Makiko Kashio, Yoshitaka Kimori, Yoshikazu Matsuoka, Hiroshi Morimatsu, Junichi Nabekura, Makoto Tominaga

    Proceedings of the National Academy of Sciences   118 ( 17 )   e201289411   2021.4

     More details

    ミクログリアの遊走は温度により調整されることが示唆されている.これまで,いくつかのイオンチャネルおよびトランスポータが遊走に関与することが知られているが,温度依存性による遊走の制御機構はまだ不明である.本研究は,実験を通じて,マウスのミクログリアがTRPPV4チャネルを介して温度依存性の運動を示すことを示したものである.
    ミクログリアの動画像の自動トラッキング手法を開発し,ミクログリアの挙動解析を行った.

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Books

  • Using image-based resources: databases for plant organelle dynamics, and applications based on image information, In Introduction to Sequence and Genome Analysis I

    Mano S., Kimori Y., Takeda T., Miwa T., Nishikawa S., Mimura T.( Role: Joint author ,  第3章「Morphological Image Processing for the Quantitative Analysis of Biological Images」, pp. 90-99.)

    iConcept Press  2013.7 

Presentations

  • Quantitative measurement of mobility of cell colony using image analysis methods for quality control of oral keratinocytes: A preliminary study International conference

    Hoshikawa E., Kimori Y., Sato T., Kato H., Suzuki A., Haga K., Nanba D., Izumi K.

    5th Tissue Engineering and Regenerative Medicine International Society World Congress  Tissue Engineering and Regenerative Medicine International Society

     More details

    本研究は非侵襲的・定量的に測定した細胞運動能の指標と口腔粘膜上皮細胞の幹細胞特性との相関性を明らかにすることを目的とする.このため運動能測定に基づく細胞評価システムの構築をめざす.本発表で,患者に移植される自家細胞の品質管理を非侵襲的に行う,2つの画像解析手法正規化相互相関法とオプティカルフロー法)を提案し,その結果に基づき,細胞移動量に反映される細胞運動能と増殖能には強い相関があることを示した.